La Cueva del Agua de Quincoces de Yuso (Valle de Losa), manantial principal del río Jerea, es una de las principales surgencias kársticas del norte de Burgos, junto con La Torcona (Ojo Guareña, río Trema) y El Bocarón (río Cadagua), por lo que no ha pasado desapercibida para las gentes de la zona, siendo ya citada por Pascual Madoz, en 1849, e incluida por Puig y Larraz, en 1894, en el primer catálogo nacional de cavidades publicado en España.

En agosto de 1955 el Grupo Espeleológico Edelweiss realizó la primera exploración y topografía de la misma, informando en un artículo de La Voz de Castilla, del 31 de agosto, de la posibilidad de realizar una captación de aguas para el abastecimiento de Quincoces. Por ello inicia, en 1956, un intenso cruce de correspondencia con Noel Llopis Lladó, por entonces el mayor experto en hidrogeología y geomorfología kárstica de España, enviándole los planos de la cavidad realizados el año anterior, aunque los proyectos planteados no llegarían a fructificar.

En 1965 el G. E. Edelweiss, junto con el G. E. Gulmont de Córdoba, realizan una nueva topografía, caracterizada por el minucioso detalle de nuestro compañero Pedro Plana, que sigue siendo válida actualmente. Décadas después, al intensificarse las exploraciones de la Sierra Salvada por el G. E. Edelweiss y el G. E. Alavés de Vitoria, diferentes coloraciones efectuadas en los ríos subterráneos del Sistema del Hayal de la Ponata y de la Sima Marcenejas, distante en el primer caso más de 15 km de la Cueva del Agua, demuestran que se trata de la surgencia principal del citado karst.

Una primera inmersión, en 1995, del buceador Fidel Molinero en su sifón terminal, el Pozo Lamarca, desveló una profundidad superior a 30 metros, con inmejorables perspectivas de continuidad. En 2000 se publicó el Kaite nº 7, monográfico sobre El Karst de Monte Santiago, Sierra Salvada y Sierra de la Carbonilla y poco después, a petición de la Junta Administrativa de Quincoces de Yuso, se situó en el exterior el punto preciso para realizar una perforación que incidiera directamente sobre el sifón terminal facilitando la extracción de agua en época estival.

El éxito de la perforación hizo retomar la exploración del sifón en 2003. Los buceadores Josi Olave, Miguel Castro, Daniel Santamaría y Martín Burgui, con apoyo de un numeroso equipo de espeleólogos burgaleses, vascos, navarros y madrileños, alcanzaron una profundidad de 50 metros en el Pozo Lamarca, continuando la exploración por un amplio sifón horizontal y dejando el cordel guía a 375 metros de longitud y 46 de profundidad, todavía a varios kilómetros del sifón terminal del Sistema del Hayal de la Ponata.

La cavidad se localiza al norte de Quincoces de Yuso, en la margen izquierda del río Jerea, siendo perfectamente conocida por los vecinos, dado el tradicional aprovechamiento que hacen de sus aguas, existiendo un merendero en una campa junto a su boca de entrada. El hecho de que sea la surgencia principal del karst, drenando unos 30 km², debe alertarnos pues, si bien en período estival el acceso puede realizarse con relativa comodidad, las crecidas, ante lluvias prolongadas o tormentas estivales en Sierra Salvada, pueden ser violentas, llegando a sifonarse en el lago situado a pocos metros de la entrada, donde el pueblo realizó sus antiguas captaciones de agua.

A partir de aquí la cavidad inicia un recorrido ascendente, entre grandes bloques, que pueden estar resbaladizos si han estado recientemente anegados. Finalmente la galería continúa, bastante horizontal, por un tramo de sección elípsoidal, desprovista de sedimentos, hasta alcanzar, a unos 500 metros de la entrada, la vertical del Pozo Lamarca, en la que puede verse la perforación que proviene desde la superficie, a unos 100 metros, y se sumerge, 14 metros más abajo, en el sifón.