La cavidad se desarrolla en dos pequeños estratos de caliza, intercalados entre areniscas, del Aptiense, que inicialmente se karstifican de forma independiente, con sucesivos ejes paralelos que finalmente acaban en­lazando en sendos colectores de mayor tamaño. Varios hundimientos del nivel de areniscas que los separa po­sibilitan el enlace entre ambas redes, ya en la zona terminal. 

Todas las galerías se originan a favor de pequeñas fracturas de dirección WSW-ENE, en el contacto con los respectivos lechos de areniscas, predominando por lo general la anchura sobre la altura, por lo que prácti­camente todas las galerías conocidas se desarrollan en laminadores o gateras de penoso tránsito. Los ejes si­tuados más al S. van virando progresivamente a medi­da que se aproximan al colector, hasta adoptar la dirección S-N.

Una tercera red superior que aún no enlaza, la Cue­va de las Bernías, se desarrolla de forma similar en otro estrato calcáreo situado sobre el sistema.