La cavidad se desarrolla en dos pequeños estratos de caliza, intercalados entre areniscas, del Aptiense, que inicialmente se karstifican de forma independiente, con sucesivos ejes paralelos que finalmente acaban enlazando en sendos colectores de mayor tamaño. Varios hundimientos del nivel de areniscas que los separa posibilitan el enlace entre ambas redes, ya en la zona terminal.
Todas las galerías se originan a favor de pequeñas fracturas de dirección WSW-ENE, en el contacto con los respectivos lechos de areniscas, predominando por lo general la anchura sobre la altura, por lo que prácticamente todas las galerías conocidas se desarrollan en laminadores o gateras de penoso tránsito. Los ejes situados más al S. van virando progresivamente a medida que se aproximan al colector, hasta adoptar la dirección S-N.
Una tercera red superior que aún no enlaza, la Cueva de las Bernías, se desarrolla de forma similar en otro estrato calcáreo situado sobre el sistema.
Archivo y Catastro del G. E. Edelweiss.
Grupo Espeleológico Edelweiss (1992): Monografía sobre Grandes Cavidades Burgalesas, Kaite, 6, 219 pp.