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La cavidad se emplaza en las calizas Coniacienses Med.-Sup. de la Estructura Monoclinal de Sierra Salvada, ajustandose a la dirección predominante E-W marcada por la tectónica local. El trazado de la cavidad discurre paralelo al sector terminal del Sistema del Hayal de la Ponata, pudiendosela relacionar con los niveles fósiles de esta, lo que justificaría las violentas corrientes de aire.
El encajamiento del valle donde se encuentre situada ha provocado el corte del conducto original por lo que actualmente se encuentra separada de la Cueva del Rebollar I. Además la circulación temporal que circula por dicho valle causa el sifonamiento y taponamiento del laminador de acceso.
Las secciones freáticas del conducto se ven alteradas por el desplome de bloques a favor de planos de fracturas, lo que que se aprecia la sección rectangular típica de las grandes cavidade de Sierra Salvada.
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